Apteekin koko tulos verotetaan vuosittain apteekkarin henkilökohtaisena tulona, koska apteekki on henkilöyritys, ja apteekin yritysmuoto lääkelain säädöksistä johtuen toiminimi.
Apteekkarin ja Oy-yrittäjän tulot eivät ole vertailukelpoisia, sillä osakeyhtiö ja Oy-yrittäjä verotetaan erikseen, apteekki ja apteekkari yhdessä.
Oy-yrittäjä voi maksaa itselleen palkkaa ja päättää itse, minkä osan tuloksesta nostaa yrityksestään osinkoina. Apteekkari ei voi näin tehdä.
Pienen apteekin apteekkari voi jäädä alle alan taulukkopalkkojen, eli ansaitsee vähemmän kuin toisen apteekkarin palveluksessa proviisorina.
Apteekkarin ja palkansaajan tulot eivät myöskään ole vertailukelpoisia, sillä apteekkari on työnantajayritys, joka työllistää keskimäärin kymmenen henkeä. Suurimmat apteekit jopa yli 50. Tämä luo virheellisen mielikuvan apteekkareiden tuloista.
Iso osa apteekkarin nettotuloista kuluu apteekkikauppoja varten otettujen lainojen maksuun (ks. artikkelikuva).
Apteekkarin jäädessä eläkkeelle uusi apteekkari on velvollinen ostamaan edeltäjältään vain lääkevaraston käypään hintaan.
Suomen yrittäjyyteen perustuvan apteekkijärjestelmän ansiosta kaikki lääkemyynnistä perittävät verot jäävät Suomeen.
Apteekkarit maksavat veroja apteekin tuloksesta keskimäärin lähes 40 prosenttia. Verotus on tuntuvasti kireämpää kuin Oy-yrittäjillä.
